Pada prinsipnya, Bioinformatika merupakan
gabungan antara pengetahuan biologi molekuler, matematika dan ilmu komputer
untuk memanajemen dan menganalisa data genom/DNA dan protein. Bioinformatika
adalah bidang yang relatif baru, sehingga masih banyak kesalahpahaman mengenai
definisinya. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan,
menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun
protein. Studi bioinformatika merupakan studi aplikasi dari bidang biologi,
kimia organik, statistic dan bidang statistic informatika.
Tambak udang memberikan kontribusi signifikan terhadap produksi Indonesia dalam
sektor perikanan. Ekspor Indonesia sekali produksi udang mencapai 50% dari
semua ekspor perikanan pada tahun 2002 dan peringkat ke-lima di non-minyak
komoditas ekspor. Berbagai kegagalan yang terjadi pada pertanian udang di
Indonesia telah menjadi fenomena yang sangat merugikan. Kegagalan tersebut
biasanya disebabkan oleh serangan vibrio sp yang mengakibatkan kematian cepat
pada udang dengan angka yang besar. Udang terinfeksi Vibrio sp umumnya ditandai
dengan gejala klinis, dimana udang terlihat lemah, merah gelap atau pucat,
antena dan kaki renang berwarna merah. Ini adalah jenis bakteri patogen yang
menginfeksi dan menyebabkan penyakit ketika kondisi udang lemah dan lingkungan
yang ekstrim.
Penyakit udang yang disebabkan oleh vibrio sp
adalah salah satu faktor utama yang membatasi dalam meningkatkan produksi
pertanian di udang. penyakit ini dapat membunuh udang dan menyebabkan kerugian
tinggi dalam budidaya udang di timur selantan dan asia timur. Sampel
dari sepuluh individu dari sebuah sepuluh bulan raksasa berbudaya harimau udang
serta liter kolam air laut dan air itu dikumpulkan dari udang di pulau
bengkalis kolam , sumatera . sampel dari udang itu juga yang dikumpulkan dari
jepara udang kolam di jawa tengah . mereka yang dipilih oleh melihat sikap
mereka karakteristik fisik dan tidak sehat . amplifikasi , sequencing dan
bioinformatika analisis 16s rdna untuk mengidentifikasi vibrio spesies yang
dilakukan di pusat biotech , bppt serpong banten . hasil dna sequencing dari
setiap bakteri dibandingkan dengan mengisolasi ada sekuen dna dari genbank ,
bank international dna database
Ada jenis Vibrio sp yang berasal dari Indonesia yang mungkin tidak ada di
negara lain, karena keanekaragaman spesies Vibrio di perairan Indonesia masih
sangat sedikit dipelajari dan dianalisis. Terjadinya kematian udang karena
serangan Vibrio sp membuat petani udang menderita kerugian besar. Salah satu
teknologi terbaik yang dapat mengidentifikasi spesies Vibrio adalah
menganalisis 16S rDNA urutan strain terisolasi. Teknik ini merupakan teknik
baru yang sering diterapkan karena dapat dibandingkan dengan data base GenBank
untuk menentukan kesamaan DNA homologi dengan bakteri serupa. Identifikasi
menggunakan teknik 16S rDNA untuk mendapatkan bakteri pada udang windu, yang
didominasi oleh genus Vibrio. Hasil BLAST (Basic Local Search Alat Alignment)
menunjukkan bahwa lima strain alginolyticus Vibrio, Vibrio parahaemolyticus,
Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus diyakini memiliki
kesamaan urutan melebihi 97% dari GenBank.
SUMBER
http://ijat-aatsea.com/pdf/May_v7_n3_11/13%20IJAT2011-02%20FJR.pdf
0 komentar:
Posting Komentar